¿Factura para Régimen de incorporación fiscal en México?

Si hago un pago de 4500 + IVA , es decir 5320, ¿tengo que hacerlo por medios electrónicos, o puede ser en efectivo?... tengo entendido que puedo hacerlo en efectivo por hasta 5000 en caso de los RIF, pero no se si esos 5000 ya van con IVA incluido.
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