Hola, fantástica pregunta.
Pero creo que tenemos un error de concepto con la TOE. La teoría de unificación, o teoría del todo, según tengo entendido no es que pretenda explicar todo el universo, sino agrupar, unificar, las teorías y leyes ACTUALES en una. Es decir, unificar las matemáticas.
Actualmente, empleamos unas matemáticas distintas para las partículas, para los objetos y para el Universo a gran escala. Lo que se pretende con esa teoría, es encontrar unas matemáticas que funcionen con TODAS esas cosas.
Eso lo hacemos, porque si una ley tiene un ámbito limitado (por ejemplo: el nivel cuántico para lo muy pequeño, o el nivel relativista para lo muy grande), entonces esa ley "limitada" no se puede entender como universal. Y claro, eso nos choca. Por eso, creemos que debemos encontrar algo nuevo que valga para todo.
Pero... hay muchas cosas que no sabemos, y si como dices, encontramos la teoría del todo, esas cosas que no sabemos NO ESTARÁN UNIFICADAS EN ELLAS.
Por poner un ejemplo, que ya a apuntado V՚yaard, la energía del vacío cuántico y la energía oscura no forman parte de la teoría del todo, y por tanto, cuando se descubra, estas incógnitas seguirán fuera de la ecuación.
Por tanto, yo creo que tenemos dos posibilidades:
a) Intentar unificar lo que ya sabemos, dejando fuera de la ecuación lo que aún ni nos hemos preguntado (quizá por eso cuesta tanto encajar la TOE, porque no nos hacemos las preguntas correctas, porque ni siquiera nos imaginamos cuales son)
b) Seguir descubriendo las incógnitas del universo, y buscar lo que nos falta en la ecuación antes de hacerla a medias. O la unificación siempre será parcial, y no será una TOE.
Yo creo, que el ser humano, como parte integrante de un sistema, no será nunca capaz de comprender en su totalidad dicho sistema, porque su punto de vista siempre será relativo y parcial.
Y como apunta Daniel X, quizá si algún día descubrieramos todo, el descubrimiento en sí "cambie" la realidad o genere una nueva. Eso es algo que yo siempre he pensado. Creo que ese conocimiento total, produciría una sublimación en la conciencia, algún tipo de ascensión (pero bueno, eso es solo una opinión personal... sigamos con la ciencia).
MI RESPUESTA ES: No, siempre quedará algo fuera de la ecuación que descubriremos más tarde, y luego tendremos que volver a hacer otra unificación.
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P.D.: Añado lo siguiente, que apoya lo que he dicho en "Yo creo, que el ser humano, como parte integrante de un sistema, no será nunca capaz de comprender en su totalidad dicho sistema, porque su punto de vista siempre será relativo y parcial."
<<Ningún sistema consistente se puede usar para demostrarse a sí mismo.>>
Kurt Gödel - Segundo Teorema de incompletitud de Gödel
Esbozo de prueba del segundo teorema.
Sea p la sentencia indecidible construida previamente, y asumamos que la consistencia del sistema se puede probar dentro del propio sistema. Hemos visto arriba que si el sistema es consistente, entonces p no es demostrable. La prueba de esta implicación se puede formalizar en el propio sistema, y por tanto la afirmación «p no es demostrable», o «no P(p)» se puede demostrar en el sistema.
Pero esta última declaración es equivalente a p mismo (y esta equivalencia se puede demostrar en el sistema), de modo que p se puede demostrar en el sistema. Esta contradicción pone de manifiesto que el sistema debe ser inconsistente.
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Como consecuencia de esto tenemos dos posibilidades:
a) Solo podremos demostrar el comportamiento de TODO el Universo mientras lo analicemos como un sistema inconsistente, pero completo como concepto.
b) Si el sistema es consistente, siempre habrá algo que no podamos demostrar.
Porras!! Se parece al principio de incertidumbre... como dice Daniel X.!!